Evaluación de Afiches

Durante el mes de marzo tuvimos la oportunidad de presetar nuestros afiches cientificos a los otros participantes del programa Biominds. Cada estudiante evaluó 3 des los afiches de sus compañeros y de esas evaluaciones es esta entrada del blog.

El primer afiche evaluado fue el de mi compañero de laboratorio Orlando Soto. Este estuvo trabajando con microorganismos con potencial antimicrobiano. En su afiche estaba muy bien explicado todo lo referente a antibióticos y como fue que fue buscando estos microorganismos. Muchas fotos de los resultados demuestran que tiene varios bioprospectos que pueden producir antibióticos. Su investigación es de suma importancia ya que muchos de los antibióticos que existen hoy dia han llegado a ser inofensivos para muchos microorganismos porque estos estan creando resistencia por tal razón es bueno conseguir otros microorganismo que puedan producir sustancias antimicrobianas para poder crear nuevos antibióticos.

El otro afiche evaluado fue el de otra compañera que hace investigación en Biología. Esta trabaja con las plantas de café indentificando los microorganismos que habitan en estas plantas. Durante su afiche pude observar que ha podido identificar a muchos microorganismo de diferentes partes de la isla que habitan en distintas plantas de café. Muchos de los microorganismos son parecidos mientras otros son solo característicos de ciertas plantas. La importancia de esta investigación es relacionar la flora microbiana de estas plantas para ver si tienen relación con algunas enfermedades que adquieren las mismas.

El último afiche que tuve la oportunidad de evaluar fue el del estudiante Roy. El comenzó en Bio-Minds durante éste semestre y su investigación durante el momento esta en la etapa de investigación y búsqueda de literatura científica. Su investigación es a cerca de buscar conección entre células cuando ocurren por ejemplo derrames celebrales en los cuales ciertas partes del cuerpo se quedan inmovilizadas por causa de que no le llegan las señales para que puedan funcionar. En el afiche pudo demostrar que se ha informado muy bien sobre el tema y que ha leído mucho en la literatura. Por supuesto este afiche es de gran importancia ya que si logran encontrar algo que pueda conectar estas células para que le lleguen las señales las personas  van a sufrir menos daños si le ocurrieran cosas como estas.

Segunda entrada Febrero 2009

En cuanto al progreso de mi investegacion pieson que el logrado muchos de mis objetivos propuestos al principio del semestre. Hasta el momento tengo como un 8O% de los objetivos ya realizados completamente. Mis objetivos para este semestre eran continuar con la identificacion de los 2 bioprospectos aislados. Pude extraer ADN del microorganismo al cual se habia hecho un poco dificil la extraccion, por lo cual pude continuar con la extraccion de ADN de ambos desconocidos y correr un PCR para amplificar el 16Sr RNA. Al correr la gel para ver el producto de PCR se pudo observar amplificacion y por lo tanto ahora estamos en la etapa de mandar estos productos a secuenciar. Hasta el momento no he tenido ninguna dificultad con la investigacion.

Abstract:

Searching for bioprospects that degrades complex substrates as targets for Genetic and metabolic engineering

 

Looking for an alternative energy source has been an important area of research during the past few years. This investigation involves the research of bacteria with the capacity to produce enzymes with potential use and that can degrade different complex carbon or substrates to produce new energy sources. Biofuels, are products acquire from biological origin that can be obtained in a removable manner and can reduce the cost of the fuels and the contamination of the environment. The microorganisms that are taken in consideration for this research are bacteria that have a high capability to degrade a variety of complex organic compounds such as Chitin, Starch, and Cellulose. The samplings included cultivable and culture independent approaches from different areas of Puerto Rico and from the metagenomic libraries available in the laboratory. Minimal media, supplemented with the respective carbon source, was spread with a sample coming from a serial diluted source.  After incubation, the putative complex carbon degrading microbes were isolated, and the initial morphological, biochemical and molecular characterization has been performed.  To date, two potential bioprospect have been isolated. The macroscopic and microscopic studies were made and indicate that the isolates have white pigmented colonies, which microscopically are gram-positive, rods with variable size, and at least one of them was capable of producing endospores.  Electron microscopy studies confirmed the differences in size, but did not find any special structures.  There have being several optimization strategies performed in order to isolate DNA from the microbial candidates, due to fact that no DNA was isolated from them after using conventional extraction methods. We will be focusing on this stage of the research in complete the characterization of the complex carbon degrading bioprospects, and to test, characterize and analyze the gene encoding for the enzymatic activity.

Enero 2009

Durante el semestre que está comenzando tenemos propuestas algunas metas. Durante estos primeros meses continuare con la identificación de los 2 microorganismos que comencé a identificar durante el semestre anterior. Al igual que continuare con la búsqueda de nuevos bioprospectos  que puedan degradar los compuestos.

El trabajo  de este semestre conecta totalmente con el pasado semestre ya que es una continuación de la identificación de los microorganismos. Durante el semestre pasado pude identificar mis 2 bioprospectos utilizando microscopio de luz y microscopía electrónica.  Durante este semestre estaré utilizando diferentes técnicas para terminar con la identificación dos los dos bioprospectos.

Una de las técnicas nuevas que estaré utilizando será el PCR. Con esta técnica lo que queremos es amplificar el 16S rRNA, luego correr el gel de agarosa y mandar a secuenciar para terminar con la identificación de los microorganismos.

Noviembre

La meta principal que nos propusimos durante este semestre fue la indentificacion de los bioprospectos aislados durante el semestre pasado y el corriente. Durante todo el semestre estuve trabajando con dos microorganismos que tiene la capacidad de crecer en medios minimos con compuestos complejos como quitina, celulosa y almidon. Realize tantos pruebas microscopicas como macroscopicas para identificar ambos microorganismos. En las pruebas microoscopicas realize la tincion Gram en los cuales ambos micoorganismo salieron Gram positivo. Tambien, tuve la oportunidad de utilizar el microscopio electronico de rastreo para la identificacion de uno de los microorganismos en el cual pudimos observar mejor el tamano y forma del mismo. Extracciones de DNA fueron exitosas para  solo uno de los 2 microorganismo. Durante lo que queda de semestre pienso hacer PCR para mandar a secuenciar y poder identificar dicho microorganismo y tambien estare trabajando y modificando el protocolo de extraccion de DNA para obtener muestra de DNA del otro microorganismo.

Durante el semestre que viene, espero poder identificar a cada uno de los microorganismo que he aislado hasta el momento. Si son conocidos tengo que investigar si verdaderamente producen enzimas que degraden las fuentes de carbono que estamos utilizando y si el microoganismo es desconocido le estare realizando mas pruebas para la caracterizacion del mismo. Tambien los planes futuros para el proyecto son aislar el gen responsable de la actividad enzimatica y realizar DNA shuffling para modificar e incrementar la actividad enzimatica. Para el PCR es muy probable que el semestre que viene trabaje con la creacion de primers especificos para los microorganismos.

Entrada de Octubre

Durante este mes estuve haciendo extraccion de DNA a los diferentes microorganismos que he aislado. Las extracciones no han sido muy effectivas por lo que estamos modificando los protocolos y utilizando diferetes metodos de extraccion para lograr una extraccion de DNA efectiva. Todavia pienso que he logrado el 80% de los objetivos que me propuse en agosto ya que no he obtenido hasta el momento resultados en las extracciones.

A largo plazo, pienso que mi proyecto va hacer una gran aportacion a la ciencia. Hasta el momento hemos encontrado microorganismos con capacidades de crecer en diferentes medios minimos con distintas fuentes de carbono. Lo que queremos ahora es identificar estos organismo y comprobar que dichos organismos pueden degradar realmente estos compuesto complejos, si es asi tenemos grandes bioprospectos para lo produccion de nuevas fuentes de energia como lo es el biocombustible.

Entrada de Septiembre

Una de la muchas tecnicas que he aprendido es la extraccion de DNA. Estare poniendo en practica esta tecnica durante las proximas semanas para poder identificar o tener una idea de quienes son los microorganismos que he estado aislando de diferentes lugares. Otra tecnica que tengo que utilizar para poder indentificar el microorganismo lo es la electroforesis.

En cuanto a lo que me propuse en agosto, he logrado como un 80%. Estuve evaluando los organismos que ya habia aislado en diferentes medios utilizando otra fuente que carbono. Tambien pude aislar mas microorganismo utilizando una de las bibliotecas metagenomicas que otros estudiantes han creado en el laboratorio. Por esta razon, ahora tengo mas bioprospectos para comenzar a utilizar las tecnicas aprendidas y comenzar con la identificacion de estos microorganismos.

En cuanto a las dificultates que he tenido durante este semestre esta como siempre el balancear las clases con la investigacion. Pienso que eso sigue siendo la mayor dificultad ya que hay que cumplir con ambas y por tal razon estoy organizando mi tiempo mejor y tratando de aprovechar cada tiempo que tenga libre para estudiar o para ir al laboratorio a continuar con mi proyecto.

Primera entrada de agosto

Durante el verano, tuve la oportunidad de estar en un internado de verano haciendo investigación. Estuve en Humboldt State University hubicada en California trabajando con microorganismos aislados de Boiling Spring Lake hubicado en Lassen Volcanic National Park. Boiling Spring Lake es un lago acídico con un pH de 1.7 a 2.2 e hidrotemal con temperaturas de 52 a 90 ^{oC en donde se han aislado una gran variedad de microorganismos entre ellos procariotas, eukariotas y virus. Estuve trabajando con 25 de las 98 bacterias heterotróficas que fueron aisladas el año pasado por otros estudiantes que también participaron en el programa REU. Mis objetivos fueron: determinar los patrones de resistencia entre éstos microorganismos utilizando 14 antibióticos distintos, determinar si dichos antibióticos eran estables bajo las condiciones de pH y temperatura a la cual éstos microorganismos crecían, tomar muestras de agua y sedimento del lago para hacer ‘antibiotic resistant erichment’, determinar la concetración mínima de antibiótico (MIC) para los organismos que mostraron resistencia a los diferentes antibióticos, y por último extracción de DNA y sacar el ‘fingerprint’ del las muestras del ‘erichment’. Este último objectivo lo estará continuando la técnica del laboratorio en donde estuve trabajando ya que las muestras fueron tomadas en Julio y debido al tiempo no pude terminar con éste objetivo. La experiencia que tuve fue una maravillosa en donde aprendí muchísimo y conocí a muchas personas. También tuve la oportunidad de conocer muchos lugares interesantes en especial tuve la dicha de ir a Lassen Volcanic National Park por 6 dias y tomar mis propias muestras en el lago. Una de las cosas que más me gustó fue que no había nadie que hablara español y por tal razón aprendí a desenvolverme mejor en el inglés especialmente dando los informes orales que cada 2 semanas tenía que presentar. Con esta experiencia me siento mucho más preparada para continuar con mi investigación de Biominds ya que tuve la oportunidad de aprender muchas técnicas que las podré aplicar en el transcurso de mi investigación.Durante éste semestre espero poder tener un gran progreso en mi investigación. En éste mes estaré preparando los medios y soluciones que necesito para luego continuar en donde me quedé el semestre anterior. Los objetivos por ahora continuarán siendo los mismo; estaré haciendo los mismos medios de cultivo pero añadiendo otras fuentes de carbono y si los organismos que aislé el semestre pasado logran crecer en éstos medios comenzaré con la indentificación de éstos. Cuando acabe el semestre espero haber podido indentificar el o los microorganismos y haber comenzado con la parte molecular de la investigación para poder indentificar y aislar el gen responsable de la actividad. Por último, espero poder continuar aprendiendo nuevas técnicas especialmente en el area molecular que para mi investigación lo voy a necesitar mucho.}

Ultimas experiencias del primer semestre Biominds

La experiencia durante todo este semestre ha sido una muy buena. He podido aprender mucho sobre tecnicas de laboratorio como las que mencione anteriormente en una de las entradas al blog. Tambien he aprendido a redactar una propuesta investigativa la cual es muy importante a la hora de empezar a realizar una investigacion. En general, pienso que he aprendido bastante gracias a la ayuda de mi mentor el Dr.Carlos Rios Velazquez que siempre un dia a la seman nos reune un dia para ensenarnos tecnicas nuevas o conocimientos que deberiamos saber para nuestras investigaciones.

Comenzar a hacer una investigacion no es facil porque requiere de mucho tiempo. Pienso que el reto mas fuerte durante este semestre fue sacar tiempo para poder cumplir con las clases y el laboratorio. Teniendo 19 creditos se me ha hecho un poco dificil y muchas veces he perdido hasta horas de sueno para poder cumplir con ambos. Solamente he ido a mi casa en Bayamon 3 fines de semana porque he tenido que adelantar muchas cosas durante esos dias. Se que es cuestion de acostumbrarce y tratar de organizar un poco mejor el tiempo para los proximos semestres. Pero a pesar de todo no me arrepiento para nada de estar haciendo investigacion porque me gusta tanto que es como si estuviera haciendo alguna actividad recreativa. Digo esto porque hay veces que me siento tan cargada con las clases pero al llegar al laboratorio se me olvida todo y me relaja de una manera increible.

Durante el proximo semestre, espero continuar aprendiendo porque he aprendido bastante pero se que me falta muchas cosas mas para aprender. Tambien espero que mi investigacion continue progresando como lo ha hecho hasta hora. Por ultimo, espero distribuir mucho mejor el tiempo para tener un mejor balance entre todo y tener un poquito mas de tiempo para poder descansar mejor y talvez para poder hacer otras actividades fuera de la universidad.   

Tecnicas aprendidas y visitas a los blogs

Durante todas las semanas nuestro mentor nos reune para ensenarnos nuevas tecnicas de laboratorio. Entre estas se encuentra PCR(Polymerase Chain Reaction), tecnicas de diluciones, clonacion y electroforesis. El PCR consiste en obtener un gran número de copias de un fragmento de DNA para facilitar la identificacion y clasificacion de organismos. Las tecnicas de diluciones se utilizan para reducir la carga bacteriana y obtener cultivos puros. La clonacion se utiliza para crear copias de un microorganismo que tengan utilidades especificas designadas por el cientifico. La electroforesis, por otro lado, es una técnica para la separación de proteinas o acidos nucleicos en un campo eléctrico.

Ademas,tuve la oportunidad de visitar varios blogs de diferentes estudiantes. Pude observar la gran variedad de investigaciones interesantes que se estan llevando a cabo en el programa. Una de las que me llamo la atencion fue la investigacion relacionada a los tumores cancerosos de la Dra. Cadiz. Encuentro que esta investigacion es extremadamente util en el campo medico actual. En terminos generales, los blogs de los companeros estan bien redactados y he tomado ideas de como mejorar el blog.

Progreso de la investigación y el trabajo en grupo

La invetigación ha ido avanzando mucho más rápido de lo esperado. Como mencione anteriormente estoy trabajando con microorganismos que degradan compuestos complejos. De los medios que había preparado con el profesor ya escogimos el más efectivo para el crecimiento de microorganismo. En los platos, cultivé muestras de diferentes lugares de Puerto Rico y en algunos de ellos se puede observar crecimiento de microorganismo. Con el medio seleccionado estaré en los próximos días aislando los diferentes microorganismos para obtener medios de cultivos puros. Luego escogeré el microroganismo más efectivo degradando el complejo que tengo actualmente en el medio. Después de ésto, voy a estar cambiando el complejo para ver cual de todos es el más degradado por el microorganismo. Mi experiencia trabajando en equipo ha sido muy buena. Aunque el projecto es individual, que ninguno de mis compañeros de laboratorio esta trabajando en lo mismo, he tenido muy buena comunicación con ellos y nos hemos entendido bien. Estamos compartiendo la misma área de trabajo entre cuatro personas y esas otras tres personas también estan en el programa Bio-Mentes. Además de ellos, en el laboratorio hay alrededor de 30 estudiantes más, lo cual nos hace ser considerados con los otros manteniendo todo lo que utilicemos limpio ya que diariamente se utilizan muchos instrumentos de laboratorio. A pesar de que son muchos aveces trabajando en el laboratorio, la experiencia ha sido buena y cada cual se ayuda mutuamente y hay muy buena comunicación. Nos hemos dividido muy bien el área, cada persona respeta las cosas de su compañero y he tenido la oportunidad de ayudar en algunas cosas que han necesitado. Además, he aprendido un poco de todo ya que cada cual tiene un proyecto distinto y he tenido la oportunidad de ver lo que estan haciendo y eso me ha ayudado a ampliar mi conocimiento en otras áreas que son muy intersantes.